走出去企业在东道国遇到涉税争议，主要可以通过以下两个途径保护自己的利益。一是东道国国内法提供的行政复议和法律救济程序，二是按税收协定中相互协商程序条款的规定，请税务总局向东道国提起相互协商程序。

案例：

我国某企业为C国的公司安装设备，整个项目持续七个多月，包括中间因天气等原因而暂停的时间。C国税务局判定我国公司在C国构成常设机构，并对其利润征税。按照我国与C国的税收协定，建筑安装工程构成常设机构的门槛为十二个月。因此，该企业按照税收协定并未在C国构成常设机构。我国据此向对方提起相互协商，对方最终同意退税。